Ebesfalván született 1632. november 3-án, ahonnan 29 évvel később Ali pasa fegyveresekkel vitette a tábori országgyűlésbe, hogy fejedelemmé választassa, mert a nehéz, zavaros időszakban nem akadtak nála alkalmasabb jelöltre, illetve olyanra, aki elvállalta volna a „megtiszteltetést”. A család tisztes anyagi körülmények között élt, de nem tartozott az erdélyi politikai szereplők élvonalába. Édesapja, Apafi György Küküllő főispánjaként halt meg, amikor Mihály három éves volt. (Megér pár szót egy érdekesség: ebesfalvi kastélyukat Gergely nevű ősük építtette, aki oly mélyen szerette feleségét, hogy a hozzá írott szerelmes leveleit ezüstkehelybe téve befalaztatta az épület bejárata fölé, bizonyítva ezzel, hogy azidőtájt is léteztek szerelmi házasságok.) A fejedelem ifjúkoráról alig maradt fenn adat. Ami biztos: 1650-ben vette nőül az okos és erélyes, sok jó tulajdonsággal rendelkező Bornemisza Annát, aki egész életében támogatta (irányította?!) férjét, kilenc gyermeket szült neki, s mindvégig részt vett az ország gazdasági ügyeinek irányításában, sőt, befolyással bírt a politikára is. A másik biztos ismeret Apafiról a kinevezése előtti időkből, hogy részt vett a rosszul végződő lengyel hadjáratban, tatár fogságba esett, ahonnan felesége csak négy évi nehéz kuporgatás és értékes birtokrészek eladása után bírta kiváltani, ami jól mutatja a család, valamint a leigázott, tönkretett Erdély anyagi helyzetét. Tudható még Apafiról, hogy az órák gyűjtése volt a szenvedélye, szerelgetésük és a szerkezet megfigyelése érdekelte leginkább, ami türelmet igénylő tevékenység, s a közelében élők valóban nyugodt, türelmes embernek tartották. Szenvedélye miatt „órás fejedelemnek” is nevezték, s elterjedt vélemény volt, hogy inkább papnak kellett volna lennie, mint fejedelemnek. 1661. szeptember 14-én iktatták be tisztségébe, s ezzel óriási teher zúdult a nyakába. Egyrészt félt Kemény Jánostól, aki már megöletett egy fejedelmet, Barcsay Ákost, pedig az lemondott a javára, őt pedig a török nem engedte volna lemondani, ha mégis megteszi, nagy árat kellett volna fizetnie. Kemény János januárban meghalt, tőle tehát nem kellett tartania, de ott volt a másik nagy gond, hogy óriási összeget kellett előteremtenie a török által követelt adókra, akkora összeget, ami súlyos áldozatokat követelt a nélkülöző országtól. Nem tette népszerűvé az sem, hogy szultáni követelésre részt kellett vennie keresztények elleni hadjáratokban, sőt, török elgondolás szerint ő lett volna a királya a hódoltatott királyi Magyarországgal egyesített Erdélynek, amit sem Apafi, sem a magyar urak nem akartak. A kétes dicsőség alól halogatással, késésekkel, és betegségeire való örökös hivatkozással próbált kibújni, sok mást nem tehetett. Kereste az utat a királyi Magyarország rendjeihez, de Wesselényi őt csak „erdélyi fejedelem névvel bíró” személynek nevezte. A vasvári békében - az ígéretek ellenére - egyik fél sem volt tekintettel Erdély érdekeire, de legalább egy hosszabb békés időszak következett. Apafi befogadta a bukott Wesselényi - féle összeesküvés menekülőit, a „bujdosókat”, akik az elbocsátott végváriakkal együtt komoly haderőt képviseltek; végre tehát volt katonasága, enyhült a mély kiszolgáltatottság, s lassan kortársai is elfogadták, különösen dicsérve megfontoltságát. A hadisarc-hátralékok mellett ott volt az évi 40 ezer arany adó fizetése, s gondolni kellett II.Rákóczi György Krímben sínylődő katonáira is, ezért a szokásos adók beszedése mellett bevezette a kereskedelmi adót, miszerint minden forint haszon után 5 garast kellett fizetni. A természeti kincsek - só-, ezüst-, rézbányák - hasznával ügyesen gazdálkodott, így lassan jó irányt vettek az ország pénzügyei. A só jövedelemből pl. nemcsak a törökök követelte adóhátralékot fizette ki, hanem iskolákat is támogatott belőle. Befogadta a Báthory Zsófia által elzavart sárospataki tanárokat, támogatta a Lorántffy Zsuzsanna alapította román nyelvű iskolát Fogarason, s Misztótfalusi Kis Miklós az ő segítségével hozhatta létre kolozsvári nyomdáját. Valláspolitikája toleráns volt. Teleki Mihály kővári kapitány 1662-ben csatlakozott hozzá, aki hamarosan szinte mindenhatóvá nőtte ki magát. Apafi mindenben hallgatott rá, Teleki döntött gyakran a legfontosabb ügyekben is a sokat tétovázó fejedelem helyett. És persze a fejedelemné, de Bornemisza Anna 1688-ban meghalt, s ez végleg megtörte Apafit. Erre az időre már nyilvánvalóvá lett, hogy Erdély nem képes magát megvédeni, s amit török fennhatóság alatt meg tudtak őrizni - a belső önállóságot - azt a Habsburg uralom felmorzsolja. A török 1683. évi kudarca után megbomlott a Bécs-Isztambul erőegyensúly, s ez Erdély sorsát alapvetően befolyásolta. 1685. április 14-én Kercsesora adott helyet a szerződés aláírásának, melyben Apafi elismerte a császár fennhatóságát lemondva az önálló külpolitikáról és vállalva a császári sereg téli elszállásolását, Lipót pedig kötelezte magát az erdélyi kiváltságok és a vallásszabadság megőrzésére. Apafi minden tőle telhető diplomáciai eszközzel országa államiságának megőrzésére törekedett, így 1687-ben a balázsfalvi egyezményben vállalta a szövetséges sereg ellátását, cserében Lotharingiai Károly szavatolta Erdély önállóságát. Az egyezmény azonban nem nyerte el a bécsi udvar tetszését. Caraffa tábornok utasítást kapott Erdély megszállására, ami az 1688. május 9-i kikényszerített fogarasi nyilatkozatban kulminált, miszerint Erdély különállása megszűnik, visszatér a királysághoz, sőt 700 ezer forint kényszeradót fizet. Apafi elfáradt a hosszú és reménytelenné váló küzdelemben. Felesége halála után hátralévő másfél évét egyre súlyosbodó depresszióban élte meg, gyásza miatt hat hétig állítólag meg sem szólalt. Erdély leghosszabb ideig uralkodó fejedelme 58 évesen halt meg 1690. április 15-én.
Írta: Márk Éva