Báthory András
Báthory Zsigmond harmadik lemondása után a korábbinál is nehezebb, zavarosabb idők jöttek Erdélyre. Távozása előtt hazahívta unokabátyját, a bíboros Báthory Andrást (több forrásban Endre), akit 1599. március 29-én Medgyesen fejedelemmé választottak, azonban a székelyek, szászok nem támogatták, Rudolf császár trónbitorlónak tartotta. Kiváló diplomata volt, e tevékenységében jelentős sikereket ért el, de otthon nem tudott magának híveket szerezni, s a katonaság szervezésével sem foglalkozott. Alig hét hónapig uralkodott, október 28-án Sellenberknél súlyos vereséget szenvedett a Vitéz Mihály vezette ellenfeleitől. Székelyföldön keresztül Moldva felé menekült, amikor Csíkszentdomokosnál megtámadták, s emberei jó részével együtt megölték. Vele
Székely Balázs nevű üldözője végzett. Halála után szent emberként tisztelték. Legendája szerint a mészárlás helyén hét éven át vérforrás fakadt, s gyilkosai falujában ez idő alatt csak bogáncs termett.
Vitéz Mihály (Mihai Viteazul)
A havasalföldi vajda győzelme után bevonult Gyulafehérvárra, ahol a rémült rendek fejedelemmé választották, majd hamarosan Moldvát is elfoglalta. (Ezért tartják őt „Nagy Románia” megteremtőjének, nemigen van erdélyi város melynek főterén ne lenne ott a szobra.) Rudolf császár Erdélybe küldte tábornokát Giorgio Bastát, hozzá fordultak a rendek segítséget kérve az új fejedelem önkényeskedése ellen. Basta 1600. szeptemberében szétverte Vitéz Mihály seregét, s ezzel bő tízhónapos rémuralom után véget is ért a román fejedelem országlása. Amikor azonban Báthory Zsigmond újra
elfoglalta trónját, Basta és a vajda együtt győzték le őt Goroszlónál 1601.augusztusában. Személyes ellentéteiken képtelenek voltak felülemelkedni, ezért Basta 1601. augusztus 19-én orgyilkosaival megölette Mihály vajdát.
Székely Mózes
Erdély egyetlen székely származású fejedelme jó katona volt. Szolgált Báthory István seregében, harcolt oroszországi hadjáratában, többször kitűnt bátorságával, vakmerőségével. Báthory Zsigmond is becsülte, birtokokat adományozott neki. Szolgálta Báthory Andrást Mihály ellen, majd a vajdát is. A Rudolf igazságtalan törvényei ellen lázadó rendek egy tábori országgyűlésen 1603. április 15-én fejedelemmé választották. Szembeszállt Bastával, s a temesvári basa segítségével le is győzte, sőtrövid időre foglyul is ejtette a tábornokot, aki Radu havasalföldi vajda segítségét kérte. 1603. július 17-én a Brassó melletti csatában csaknem az egész erdélyi sereg elpusztult, elesett Székely Mózes is. Basta az erdélyiek „árulását” kegyetlenül megtorolta. Sokakat kivégeztetett, óriási adókat vetett ki, s hagyta, hogy rosszul fizetett katonái mindenükből kifosszák az éhező embereket. Amikor 1604. tavaszán kivonult Erdélyből, százezreket érő kincseket vitt el, a tatárdúlás óta nem tapasztalt nyomort hagyva maga után.